2003年3月22日，国家纳米科学中心（筹）正式挂牌成立。中国科学院路甬祥院长、教育部赵沁平副部长、科技部程津培副部长、北京市范伯元副市长、中国科学院白春礼副院长、国家自然科学基金委员会朱道本副主任、国家发展和改革委员会高技术产业发展司马德秀司长、科技部基础司张先恩司长、财政部科教文司赵路副司长、国家发展和改革委员会高技术产业发展司綦成元副司长、北京市海淀区于军副区长、卫生部科教司刘雁飞副司长、工程院办公厅董庆九副主任，以及各部委相关司的领导同志；科学界的老前辈师昌绪院士、吴全德院士，以及国家纳米科学中心组建单位的北京大学许智宏校长、清华大学龚克副校长、中国科学院纳米科技中心解思深主任等出席了揭牌仪式。      

     2003年5月，经中国科学院批准，相继成立了国家纳米科学中心管理和学术领导机构。路甬祥任项目管理委员会主任，朱道本任项目学术委员会主任，白春礼任项目工程指挥部经理，解思深任总工程师、朱星任总工艺师、查连芳任总经济师。      

     2003年7月，在香山召开了纳米科学前沿问题研讨会，与会专家分别就纳米材料、纳米器件和纳米表征这三个研究方向提出了可行性建议，初步凝练了国家纳米科学中心的学科方向。      

     2003年9月，为加强我国的纳米科技平台建设，组建了国家纳米科学中心协作实验室。初期由中国科学院物理所、化学所、北京大学和清华大学涉及纳米科技的若干重大仪器设备及相关实验室组成。建立了“合作、开放和竞争”的运行机制。      

     2003年12月31日，中央机构编制委员会办公室以中央编办复字[2003]165号文批复正式成立国家纳米科学中心。