科睿唯安发布的最新基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI）数据显示，在发表超过100篇高被引论文的12家中国科学院院属机构中，国家纳米科学中心排名第四，高被引论文数有216篇。 

　　此外，根据自然指数（NI）2017年全年的数据统计，按照加权分数式计量方法（WFC），国家纳米科学中心在中国科学院院属研究中排名第七，比2016年的排名上升了一位。 

　　ESI是由世界著名的学术信息出版机构美国科技信息所（ISI）于2001年推出的衡量科学研究绩效、跟踪科学发展趋势的基本分析评价工具，是基于科睿唯安公司旗下Web of Science（SCIE/SSCI）所收录的全球12000多种学术期刊的1000多万条文献记录而建立的计量分析数据库。ESI已成为当今世界范围内普遍用以评价高校、学术机构、国家/地区国际学术水平及影响力的重要评价指标工具之一。 

　　自然指数（Nature Index）是依托于全球68本顶级期刊，统计各高校、科研院所（国家）在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。运用这个数据库，可以根据各机构的论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引。